Stanisław Kostka urodził się w Rostkowie pod Przasnyszem jesienią 1550 roku. Stanisław był dzieckiem bardzo pobożnym, skłonnym do wzruszeń, wcześnie rozpoczął pogłębione życie religijne, w którym szczególną rolę odgrywała cześć dla Matki Bożej. Pierwsze nauki pobierał mały Stanisław w domu od rodziców, a może też od miejscowego kapelana ich prywatnej kaplicy. Potem kształcił się i wychowywał pod opieką Jana Bilińskiego – przez co najmniej rok. Na dalsze studia rodzice wysłali Stanisława i jego brata, Pawła, do Wiednia, w którym znajdowało się gimnazjum prowadzone przez jezuitów.
Prawdopodobnie już wtedy Stanisław uświadomił sobie, że pragnie wstąpić do Towarzystwa Jezusowego (Zakonu Jezuitów).W pierwszej połowie grudnia 1565 roku Stanisław zapadł na poważną chorobę. Przyczyną były wyczerpujący tryb życia – nocne czuwania, posty i umartwienia, które osłabiły organizm chłopca. Po kilku dniach wysokiej gorączki przypuszczał, że jest bliski śmierci. Prosił o sprowadzenie księdza. Nikt jednak nie brał jego prośby na serio. Chory zaczął się modlić żarliwie do świętej Barbary, patronki dobrej śmierci. Doznał wówczas widzenia, w którym Matka Boża poleciła mu, aby wstąpił do Zakonu Jezuitów.
Zamysł taki powziął Stanisław już wcześniej, jednak teraz umocnił się ostatecznie w swoim postanowieniu. Zaczął szybko wracać do zdrowia. Przekonany, że to Matka Najświętsza cudem go uzdrowiła, stał się od tej pory jeszcze gorętszym niż dotąd Jej wielbicielem i sługą. Stanisław napisał do ojca, prosząc o zezwolenie na wstąpienie do Towarzystwa Jezusowego. Spotkał się jednak ze zdecydowaną, gniewną odmową. Wówczas sam zwrócił się z prośbą o przyjęcie go do klasztoru do prowincjała o. Wawrzyńca Magiussa, który nie mając zgody rodziców, również zdecydowanie odmówił jego przyjęcia. Zakon nie chciał narażać się na zarzut, że zwabia młodych ludzi do swego zgromadzenia wbrew woli ich rodziców.
W tej sytuacji Stanisław 10 sierpnia 1567 roku opuścił potajemnie Wiedeń i udał się do Rzymu do samego generała zakonu o. Franciszka Borgiasza. W Augsburgu zatrzymał się u prowincjała Górnych Niemiec, o. Piotra Kanizjusza, który widząc gorliwość Stanisława, wystawił mu bardzo pochlebną opinię w liście do generała zakonu i poparł go w staraniach przyjęcie do zgromadzenia. Napisał między innymi: „Spodziewamy się po nim wielkich rzeczy”. Kiedy dotarł do Rzymu, spełniło się jego pragnienie: został przyjęty do Towarzystwa Jezusowego w dniu 28 października 1567 roku. Stanisław Kostka spędził w rzymskim nowicjacie niespełna 10 miesięcy. Wróciły dolegliwości zdrowotne. Zmarł z wyczerpania w nocy z 14 na 15 sierpnia 1568 roku.